1951年,徐悲鸿在中央美术学院工作人员聘任核定表上的批示,将郭味蕖聘入研究部任职:
郭君对于中国遗产问题已有著作几种,所涉颇广泛,倘给予机会集中精神为之,当有成就。
——悲鸿
批示表明,郭味蕖在院内早期工作的主要定位,是以“整理中国遗产”为中心的研究任务与学术建制。入校后,郭味蕖的主要精力即转向美术史与美术理论领域,工作重心集中在画史编纂、资料整理与专题研究等方面。一方面,郭味蕖加紧《宋元明清书画家年表》的修改补定,参与中国美术图谱资料的编制,并协助王逊撰写《中国美术史》;另一方面,郭味蕖广泛搜集史料,展开对中国古代版画、民间年画等课题的整理。
1953年,郭味蕖调至美院图书馆工作,协助常任侠处理古代图书资料的分类编目,同时继续从事古代美术原作的鉴定与收藏事务。同年二月,文化部批准中央美院筹建中国绘画研究所(今中国艺术研究院美术研究所前身),1954年改为民族美术研究所,黄宾虹任所长、王朝闻任副所长,原研究部主要成员并入。郭味蕖作为助理研究员,承担的研究范围及资料整理工作进一步扩展,着手撰写《中国版画史略》,并参与《古代建筑与雕刻》等项目,同事有史怡公、刘凌沧等人。
郭味蕖在中央美术学院的早期研究呈现出编纂、鉴藏与著述相互支撑的工作格局,具有鲜明的基础性与体系化取向。
除专题研究及史料汇编之外,郭味蕖在这一时期参与了当时围绕美术发展与教学展开的公共讨论。1955年全国美展在京召开后,关于中国画发展取向的争论随之升温。周扬在美协一届理事会二次会议上提出反对“虚无主义”和“保守主义”两种倾向,郭味蕖据此撰写多篇相关文章,发表于人民日报、光明日报等刊物。与此同时,郭味蕖兼任中央美院留学生辅导教师,讲授中国画论与《历代名画记》。课外还前往故宫及历史博物馆学习,并陪同波兰文化部委派的研究学者苏贝慈考察民族美术,赴云冈月余,整理出《佛都云冈》等文字内容。1956年调任徐悲鸿纪念馆工作。

1953年徐悲鸿赠郭味蕖对联
这一阶段持续而密集的学术劳动,郭味蕖逐步形成稳定的工作方式与方法意识。其一,以《宋元明清书画家年表》为代表的长期编纂与修订,使郭味蕖形成以编年与谱系组织材料、以工具书形态搭建知识框架的能力;其二,图谱编制、史料搜集、分类编目以及原作鉴定与收藏等经历,使郭味蕖对文献与图像的来源、类别与归并更为敏感,形成以材料为据的研究习惯;其三,郭味蕖在1952-1953年间曾参加艾思奇关于毛泽东主席《实践论》《矛盾论》的讲授,学习中国革命史,自觉“思想有所提高,认识有所转变”。
郭味蕖在进入中央美术学院后,并未止步于研究所案头的史料整理,而是将课堂讲授、实地考察与专题写作相互贯通,在当时的文艺理论语境下重新理解传统,并将之形成为写作、创作与教学中的问题意识。在这一过程中,郭味蕖积累了可用于后续中国画花鸟专业课程建制的系统能力与方法基础,为他在1961年后主导中央美术学院花鸟画科教学改革提供了前提。
二、中国画分科教学改革与五年制《花鸟画教学大纲》
1961年的4月11日至25日,时任中宣部副部长的周扬在北京主持召开了全国高等学校文科和艺术院校教材编选计划会议。浙江美术学院院长潘天寿在会议中提出人物、山水、花鸟分科教学建议:
造就专门人才,就得在中国画系中分科专精地培养......三科的学习基础在技术方法上各有它不同的特点与要求,各有它不同的组织与布置等等。例如以形象的要求说,人物科人物形象的要求与山水科山水树石的形象、花鸟科花鸟虫鱼的形象要求不同,山水科树石形象的要求与花鸟科花鸟草虫形象的要求又不同,熟练了人物形象不等于熟练了山水树石花鸟虫鱼的形象......三科必须分开练习分开教学,才能合适。
这一意见贯彻了党中央“百花齐放、百家争鸣”的文艺方针,其要旨在于中国画低年级教学中可以选择专攻一科、他科辅助,以便形成更稳定集中的专业训练,不间断地、系统化地安排师资配置、课程讲授与作业训练。
同年,叶浅予作为中央美院中国画系主任,也在《人民日报》发表文章《掌握全面和专攻一门》,他表示:“由于山水花鸟科课的相对削弱,美术院校有责任赶快来调整这个不平衡的状态”。

1960年,郭味蕖先生在北海公园画展上留影

郭味蕖归兴1962年